1.LAMMPS简介
2.lammps 改写源代码怎么重新编译
3.å¦ä½å¨Ubuntuä¸å®è£
lammpsåï¼
4.Lammps从原理到实践(2)：Lammps语法和源码结构
5.LAMMPSLAMMPS编译安装
6.LAMMPS 软件的源码安装与运行
LAMMPS简介
LAMMPS，即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，源码被广泛应用于分子动力学相关计算与模拟。源码其功能涵盖从气态、源码液态到固态，源码以及不同系统组态下的源码源码网怎么下载百万级原子分子体系。LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，源码并以GPL许可发布，源码这意味着用户可以自由获取并根据需要修改源代码。源码该软件具备良好的源码并行扩展性，支持分布式内存MPI，源码并通过空间分解模拟领域实现并行计算。源码LAMMPS以C++编写，源码兼容MPI和单处理器FFT等可选库，源码便于用户扩展新特性和功能。源码
LAMMPS运行基于输入脚本，提供定义和使用变量、公式以及循环控制的语法，允许用户从一个脚本中同时运行一个或多个模拟（并行）。其支持广泛的应用场景，包括但不限于材料科学、化学、生物学等领域的研究，为用户提供了一种高效、灵活的计算模拟工具。
作为一个开源软件，access 实例源码LAMMPS不仅提供了强大的计算能力，还具有高度的可扩展性和灵活性，使得科研人员能够根据具体需求进行定制化开发。在多个科学领域中，LAMMPS成为分子动力学模拟的首选工具之一，为科学家提供了深入理解复杂系统行为的有力工具。
lammps 改写源代码怎么重新编译
Lammps 源代码解析：
所有的头文件都以下面的编译预处理命令开始, 例如 fix_setforce.h
#ifdef
FIX_CLASS
FixStyle(setforce,FixSetForce)
#else
其中
FixStyle 宏定义在lammps.cpp 的help函数里，相关代码片段如下:
pos = ;
fprintf(screen,"* Fix styles\n");
#define
FIX_CLASS
#define FixStyle(key,Class) print_style(#key,pos);
#include
"style_fix.h"
#undef
FIX_CLASS
fprintf(screen,"\n\n");
其中在
key 前加 # 是为了给key对应的字符串加入双引号，即等价于
“key”。再通过查看，print_style函数，我们知道这段代码的目的就是打印所有已经定义的 fix style。这段代码当我们调用 lmpmac
-help 时会打印，例如本人mac上打印的所有 integrate的style
* Integrate styles:
respa respa/omp verlet verlet/intel
verlet/kk
verlet/split verlet/split/intel
因此，当自己加入新的 style 时候，需要更改对应的 “style_*.h” 文件。
å¦ä½å¨Ubuntuä¸å®è£ lammpsåï¼
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4.å®è£ æ§è¡make installå½ä»¤
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以ä¸éè¦rootæéã
-å®è£ fftw
ãã1ä¸è½½æºç å fftw-2.1.5.tar.gzï¼è§£å tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz
ãã2 cd fftw-2.1.5.
ãã3 ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw-gnu --enable-float
ããå ¶å®é项:
ãã4 make
ãã5 make install
ããäºå®è£ mpich
ãã1ä¸è½½mpich.tar.gz
ãã2 cd mpich-1.2.7
**ãã3 ./configure --prefix=/opt/mpich-gnu
ãã4 make
ãã5 make install
ããä¸ãç¼è¾/etc/hosts.equivæ件ï¼å¨å ¶ä¸å å ¥æ¬æºä¸»æºåï¼ç¨hostnameå¯ä»¥å¾å°ï¼ï¼åç¬ä¸è¡ï¼
ããåä¸æ¥é½å¨rootä¸è¿è¡ã
ããä¸é¢çæ¥éª¤é½å¨èªå·±çç¨æ·ä¸è¿è¡
ããåãå®è£ lammps
ãã1 tar xvzf lammps.tar.gz
ãã2 cd lammps
**ãã3 cd src
ãã4 vim MAKE/Makefile.g++
ããä¿®æ¹mpichçå®è£ è·¯å¾
ããä¿®æ¹fftwçå®è£ è·¯å¾
ããï¼æ¯ä¸ªé½æ两å¤ï¼includeåé¢ålibåé¢çé¨åï¼
ãã# g++ = RedHat Linux box, g++, MPICH2, FFTW
ããSHELL = /bin/sh
ãã# System-specific settings
ããCC = g++
ããCCFLAGS = -g -O -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -
ããDMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw-gnu/include -I/opt/mpich-
ããgnu/include
ããDEPFLAGS = -M
ããLINK = g++ -L/opt/mathlib/fftw-gnu/lib -L/opt/mpich-
ããgnu/lib
ããLINKFLAGS = -g -O
ããUSRLIB = -lfftw -lmpich
ããSYSLIB = -lpthread
ããARCHIVE = ar
ããARFLAGS = -rc
ããSIZE = size
ãã# Link target
ãã$(EXE): $(OBJ)
ãã$(LINK) $(LINKFLAGS) $(OBJ) $(USRLIB) $(SYSLIB) -o $(EXE)
ãã$(SIZE) $(EXE)
ãã# Library target
ããlib: $(OBJ)
ãã$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)
ãã# Compilation rules
ãã%.o:%.cpp
ãã$(CC) $(CCFLAGS) -c $<
ãã%.d:%.cpp
ãã$(CC) $(CCFLAGS) $(DEPFLAGS) $< > $@
ãã# Individual dependencies
ããDEPENDS = $(OBJ:.o=.d)
ããinclude $(DEPENDS)
ãã5 make g++ (å¨srcç®å½ä¸)
ããçælmp_g++
ããåãè¿è¡lammps
ãã1 cd ../bench
ãã2 /opt/mpich-gnu/bin/mpirun -np ../src/lmp_g++ <in.chain
Lammps从原理到实践(2)：Lammps语法和源码结构
学习分子动力学计算领域，从原理到实践，Lammps作为开源软件，是许多研究者和学生的重要工具。Lammps的建模能力和强大的求解器功能使得它在这一领域内拥有很高的地位。尽管它没有图形化交互界面，这可能会对学习和理解造成一定的挑战，但它促使我们深入探索软件的基础和原理，从而提升对程序的口红见缝插针源码掌控能力。 在Lammps的使用中，我们主要与input文件进行互动。input文件是Lammps程序理解并执行的指令集，正确编写input文件是实现想法的关键。虽然市面上已有详尽的input文件语法和规范介绍，但理解每个命令背后的物理意义和源码实现才是学习的重点。Lammps源码的深入解读，对于提升程序理解和修改能力尤为重要。深入Lammps源码与结构
Lammps的源码主要以C++语言编写，文件扩展名为.cpp和.h。.cpp文件包含了用于执行计算的函数、类和方法，而.h文件作为头文件，用于声明变量和函数，并允许不同cpp文件调用以实现代码复用，提高可读性和执行效率。大部分cpp文件对应着一个.h文件，提供了方便的修改途径。源码执行依赖于正确编译，确保所有src下的文件参与编译，可选包的启用会影响编译过程。 Lammps运行过程从主程序开始，依次执行各类功能。lammps.cpp和lammps.h文件作为基础类，负责实例化、小白影院源码解析输入脚本、划分处理器、构造集成类和构建邻居列表等。之后，通过pair、fix等命令进行计算，最终输出结果。尽管lammps负责管理许多功能，但大多数实际计算工作由子类完成，这使得源码结构设计更加合理，便于修改和阅读。源码解析与实例
在主程序启动后，Lammps实例化关键功能，建立完整的计算环境，接下来是设定计算参数或前处理步骤。这通常涉及调用input.cpp文件解析输入脚本，理解命令与函数之间的调用关系，以及如何通过关键参数传递信息。这构成了Lammps程序执行的基本流程，确保指令被正确读取并执行。 源码解读关注调用、声明和执行函数部分。调用关系展示了文件间的继承和调用结构，声明是函数和变量使用的必要步骤，而执行函数是cocoapods的源码修改的关键所在。许多cpp文件中的内容专注于初始化和规范化运行，这些部分通常不需要修改。分离执行函数和理解其工作流程是关键。总结
本文仅为Lammps源码结构和部分源码解析提供了一个概览。深入理解Lammps源码需要系统地阅读和分析不同cpp和h文件，理解命令的物理意义和实现细节。虽然此领域的源码解读工作量巨大，但通过分步骤地解析cpp文件，逐步了解Lammps的运行机制，对于提升程序理解与修改能力具有重要意义。尽管目前的解读相对简略，但对于追求深入学习Lammps的用户来说，提供了一个良好的起点。LAMMPSLAMMPS编译安装
本文详细描述了在Linux环境下使用LAMMPS进行安装和编译的步骤。LAMMPS全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是一个广泛使用的分子动力学模拟软件。
首先，切换到根目录并以root权限执行以下步骤：
1. 使用sudo命令以root权限登录。
2. 下载并解压fftw源码包。
3. 进入解压后的目录，配置并安装fftw。
4. 进行mpich的下载、配置、安装。
5. 编辑/etc/hosts.equiv文件，加入本机主机名。
以上步骤均需在root权限下操作。
随后，在自己的用户目录中执行以下步骤：
1. 下载并解压LAMMPS源码包。
2. 进入LAMMPS的源码目录。
3. 编辑MAKE/Makefile.g++文件，修改mpich和fftw的安装路径。
4. 在src目录下执行make g++命令，生成lmp_g++。
5. 进入bench目录，使用mpirun命令运行LAMMPS。
注意：上述步骤中，所有路径需替换为实际安装目录。
完成上述步骤后，LAMMPS已成功安装并可进行模拟运行。这一过程详细展示了LAMMPS的安装流程，并且提供了实际操作中可能遇到的配置细节，有助于用户顺利进行分子动力学模拟。
LAMMPS 软件的安装与运行
LAMMPS软件的安装与运行
LAMMPS软件有可执行程序和源代码两种安装方式。选择方式需考虑电脑操作系统、科研需求、编程能力与学习目标。在Windows操作系统下，可直接安装官方提供的可执行程序，以获取最新特性。Linux操作系统推荐通过编译源代码安装，以获得高度灵活性并能选择安装特性，若需贡献代码，此方式尤为关键。
LAMMPS软件最新版本为2 Aug 。
对于Windows用户，可从以下链接下载安装文件：
rpm.lammps.org/windows/
选择适合的可执行文件，如LAMMPS-bit-Python-2Aug-MSMPI.exe（具备MPI并行与Python功能）以及msmpisetup.exe以支持MPI。注意，同一台电脑上只允许安装一个版本的LAMMPS，建议安装最新版本。安装步骤遵循指引完成。
在Windows控制台程序中使用LAMMPS。具体步骤为切换至LAMMPS所在目录，并通过命令执行。
Windows用户可参考官方链接获取更多注意事项。
对于Linux用户，可采用make或CMake编译源代码。推荐使用CMake，因其现代化且功能强大。编译过程分为两步：创建build环境与编译LAMMPS。在cmake文件夹中，CMakeLists文本文件允许通过-D VAR_NAME=value调整设置，启用或禁用特定功能。
编译前，需完成源码下载与CMake安装准备工作。接着，执行编译步骤。在Python中调用LAMMPS以验证安装成功。
若Linux用户需卸载LAMMPS以重新安装其他版本或删减特性，只需重新执行编译步骤。
本文提供LAMMPS软件安装与运行的指南，包括Windows与Linux用户应采取的不同方法。请在留言区提出任何疑问与反馈，以便进一步完善指南。
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软件部署第三弹-Lammps在linux系统部署安装
LAMMPS，即大型原子/分子大规模并行模拟器，是由美国Sandia国家实验室开发的一款经典分子动力学代码。它主要用于模拟气体、液体和固体状态下粒子的集合行为，能够处理全原子、聚合物、生物、金属、粒状和粗粒化体系。
本次文章旨在提供高效可用的安装部署方法，对使用Linux系统以及刚接触科学计算类软件的用户十分友好。LAMMPS是目前用于分子动力学模拟的常用软件之一，网上安装教程质量参差不齐。获取LAMMPS时，访问官网lammps.org。下载页面提供了历史版本，可通过github.com/lammps/lammp...获取。为了更加灵活地构建或扩展LAMMPS，建议下载源码，从源代码级别重新构建。
安装部署Intel oneAPI，具体可参考blog.csdn.net/u...。加载编译依赖环境后，解压安装。在该路径下有常用各类编译器配置的makefile文件，本次以intel+intelmpi为例。编译配置参考。
针对非intel平台优化和注意事项，修改Makefile.mpi内容：去掉-xHost -qopt-zmm-usage=high，添加-march=haswell。-xHOST是Intel 编译器针对Intel处理器增加的编译优化选项，Intel 编译器内没有集成AMD处理器微架构相关信息。但AMD处理器所包含X扩展指令集特性与Intel Haswell架构处理器类似，因此可参考AMD手册选取适合参数来帮助Intel编译器识别AMD处理器上的指令集特性。
可选模块安装，例如electrode需要在lmmps/lib/electrode/下执行。生成对应的Makefile.lammps文件和对应的库文件libelectrode.a。VORONOI安装需要额外安装voro++-0.4.6，下载解压到lammps/lib/voronoi。修改lammps-xx/lib/voronoi/Makefile.lammps，在src目录下生成所需的可执行文件。可以查看已安装配置信息和已安装模块。
LAMMPS软件测试，解压目录下加载lammps环境。LAMMPS使用MKL库完成其中的数学运算，但该库会通过内部函数检测是否为Intel处理器，在Intel处理器上MKL库的加速效果更好。在AMD平台可以加载libisintel.so，把AMD识别成Intel,以更好发挥MKL数学库的计算能力。libisintel.so库具体可参考上期文章。命令行运行，查看运行结果示例，timesteps/s值为性能参数，值越大性能越好。参考引用。
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