1.R基础(1):R及Rstudio的、安装
2.在Ubuntu 22上编译安装R语言环境
3.Rstudio service安装记录
4.R语言下载及安装
5.大数据分析R语言RStudio使用教程
6.å¦ä½å¨linuxä¸å®è£
RStudio
R基础(1):R及Rstudio的、安装
本文将引导你踏上R语言和RStudio的下载、安装之旅。首先,R并非只是源码社群一个软件,而是专为统计分析和绘图设计的强大工具,源自年左右的S语言分支。
S语言最初由AT&T贝尔实验室开发,商业软件S-PLUS是其衍生物,后来R系统由新西兰奥克兰大学的Robert Gentleman和Ross Ihaka等人创建,由R开发核心团队维护。CRAN,即Comprehensive R Archive Network,是R的官方资源库,包含R软件、源代码和用户编写的软件包,全球有多个镜像站点以提高下载速度。
安装R,访问Comprehensive R Archive Network,选择适合你的系统(Linux、Mac或Windows),按照指示进行。而对于R的强大伴侣RStudio,它并非数据恢复工具,而是R的集成开发环境(IDE),优化了R的编写体验。
下载RStudio,你可以访问Download RStudio,选择适合的版本下载并安装。但需注意,RStudio需安装在英文根目录下,以避免打开白屏问题。现在,你已经为R语言学习铺平了道路,接下来我们将探索RStudio的操作界面和常用功能。
在Ubuntu 上编译安装R语言环境
在Ubuntu 版本上,安装和配置R语言环境是一项细致的工作,本文将逐步指导你完成R-4.4.0的编译安装,以及RStudio Server和Shiny Server的部署。由于默认apt包管理器提供的R版本较低,我们首先需要检查和安装必要的编译工具,如gcc 和fortran编译器。
在编译R-4.4.0之前,确保libicu和libiconv两个库需要从源码编译安装,因为Ubuntu 的libicu .1版本不足。安装过程中,织梦招聘源码我们还需要配置虚拟屏幕xvfb和xvnc服务,以便在编译时支持图形界面。你需要创建rc.local服务,设置DISPLAY环境变量,同时配置xvfb开机启动。
下载R-4.4.0源码后,设置LD_LIBRARY_PATH指向从源码编译的库,并配置DISPLAY,开始编译。编译过程会生成config.log,用于检查配置是否正常。安装完成后,确认R版本的功能正确,如X、ICU和iconv支持。
此外,还需要更新系统环境,为R软件包指定C++和C++的编译器,并为R进程设置X window屏幕。RStudio Server和Shiny Server的安装和配置分别涉及用户组设置、服务器端口、图形选项和自启动服务。RStudio Server的用户登录和权限管理也很重要。
安装Shiny Server时,要确保R包的正确路径,允许用户自行发布应用程序。在Ubuntu 上添加中文支持是必不可少的,包括安装中文字库、字体和配置R语言环境以支持中文。
最后,我们探讨了R语言的深度学习环境,包括使用Tensorflow+Keras调用Python后端和原生R torch。这包括了软件包安装、Python路径设置、GPU环境的配置,以及在RStudio中运行Python和R torch示例,展示了如何在GPU上优化性能。
总的来说,这篇文章详细介绍了在Ubuntu 环境中定制安装R语言环境,包括R、RStudio Server、Shiny Server的配置,以及深度学习环境的搭建,为用户提供了一个完整且实用的指南。
Rstudio service安装记录
确保安装了R,如使用conda安装,收银系统源码下载则需配置路径。
访问Rstudio或posit下载页面获取Rstudio Server。
选择合适的服务版本,如果没有适合的,可考虑源代码构建,但过程复杂,通常建议使用现成版本。
执行所有操作时建议使用root用户以避免权限问题。
调整配置文件以管理Rstudio服务,如database.conf、rserver.conf和rsession.conf。
重启服务检查是否有错误。
遇到网页登录密码正常但登录异常的问题,可能是因为登录账号的home目录权限问题。
查阅日志文件以找出错误源头,重点是查找权限相关错误信息。
确认执行文件存放位置不符合规范,应位于/usr/bin/而非/usr/lib/rstudio-server/bin/。
执行相关代码,参考在线资源解决 SELinux 下的运行问题,然后重启Rstudio。
使用systemctl确保Rstudio正确启动。
访问Rstudio成功。
个人经历:近期协助女友进行宏基因组数据分析工作。医检所在NGS流程中关注的是物种组成,一般提供临床用药建议,较少进行科研级的通路注释或差异分析。宏基因组分析与医检所流程相似,都是为了识别样本中存在什么微生物及其活动,这对后续研究和治疗方案设计至关重要。
工作环境挑战:公司提供的Windows电脑性能有限,尤其是内存只有8GB,同时运行多个程序后资源紧张。由于公司IT部门不支持额外内存配置,且行政采购没有提供内存选项,个人在寻找解决方案。工作站内存虽然容量大但线程数有限,考虑到安装Rstudio-service可以满足当前需求。
R语言下载及安装
R语言简介
R语言是一种用于统计分析、绘图的编程语言和环境。它是GNU系统下的一个自由、开放源代码的软件,专为统计计算和图形展示设计。R集数据处理、计算和可视化于一体,提供了强大的双返系统 源码数据分析工具和图形功能,同时拥有一个简洁、高效的编程语言。
R语言下载
访问R官网下载页面,根据操作系统选择对应的R版本进行下载。确保网络连接正常,下载后进行安装。
R语言安装
安装过程中可能遇到一些问题。对于R版本低于4.3的情况,需先删除原有安装,然后按照R官网提供的更新说明操作,执行特定命令以升级到最新版本。若遇到缺失的依赖库,如libssl1.0.0、libssl1.0.2、liblibssl1.1等,需通过命令行安装相应的库。完成安装后,通过命令行验证是否成功安装。
Rstudio server下载及安装
下载并安装Rstudio server。可能在安装过程中遇到问题,参照安装文档解决。确保网络环境支持SSH服务。使用ifconfig命令检查虚拟机的IP地址,并通过宿主机的cmd工具ping该IP地址,以确保网络可达。若SSH服务未启动,使用sudo apt install openssh-server命令安装,然后启动服务。
使用ssh工具连接宿主机的IP地址,通过浏览器访问.0.0.1:,进入Rstudio server界面。使用mkdir命令创建文件夹,并通过scp工具将文件传输至Rstudio server的指定位置。确保传输操作成功。
大数据分析R语言RStudio使用教程
RStudio是用于R编程的开源工具,其功能丰富,帮助用户创建可读的分析,并将代码、图像、注释和图解整合在一起。在本大数据分析R语言RStudio使用教程中,我们将聚焦于RStudio Desktop的一些最佳功能,以及一些快速提升您成为高级用户所需的技巧、快捷方式和实用资源。
为了提高工作效率,掌握在RStudio窗格之间快速导航的dubbo源码编译安装快捷方式至关重要。只需使用以下快捷键:Control/Ctrl + 1:打开源代码编辑器(您的脚本);Control/Ctrl + 2:打开安慰;Control/Ctrl + 3:打开历史记录;Control/Ctrl + 4:打开文件管理;Control/Ctrl + 5:打开情节;Control/Ctrl + 6:打开笔记本;Control/Ctrl + 7:打开打包;Control/Ctrl + 8:打开环境;Control/Ctrl + 9:打开查看器。若希望在当前使用的R脚本、笔记本或R Markdown文件中最大化视图,可使用Control/Ctrl + Shift + 1。要恢复标准的四窗格视图,请输入Control/Ctrl + Shift + 0。
了解RStudio键盘快捷键对于编程效率的提升极为重要。通过访问Tools > Keyboard Shortcuts Help菜单或使用快捷键Option + Shift + K在Mac上或Alt + Shift + K在Linux和Windows上,您可以访问RStudio的键盘快捷键列表。以下是一些我们常用的快捷键:Mac或Linux和Windows上输入Option + -、Alt + -用于快速插入<-赋值运算符;Mac或Linux和Windows上输入Command + Shift + M用于插入管道运算符%>%;Mac或Linux和Windows上输入Command + Enter用于运行当前代码行;Mac或Linux和Windows上输入Command + A + Enter用于运行所有代码行;Mac或Linux和Windows上输入Command + Shift + F用于重新启动当前的R会话;Mac或Linux和Windows上输入Command + Shift + C用于在行上添加注释或取消注释。
通过代码完成功能,您可以在开始输入后,RStudio会弹出一个包含匹配函数、对象和代码片段名称的建议窗口,通过向上或向下箭头切换并在输入Return/Enter键进行选择。此外,模糊匹配功能允许您通过输入匹配项的唯一字母缩小搜索范围,即使不输入所有字母也能实现匹配。具体操作如下:首先,通过部分函数名称键入选择函数,使用箭头进行选择;接着,输入instd仅进一步缩小选择范围。
RStudio提供了一种快速查找文件和功能的方法,只需输入Control/ctrl + .即可打开Go to File/Function窗口,并使用模糊匹配技能来缩小选择范围。
在自定义外观方面,RStudio提供了丰富的选项供您根据个人喜好进行个性化设置。通过Preferences > Appearance导航,浏览许多可用选项。RStudio的一个不错功能是可快速单击Editor theme窗口以预览每个主题。
在RStudio中轻松链接到文档是关键。在Help右下方窗口的标签下,您会找到指向R函数和R软件包在线文档的便捷链接。例如,使用搜索栏搜索install.packages功能可返回官方文档。同样,您还可以在Help选项卡中访问文档,只需在软件包或函数前添加?,例如?install.packages,然后在控制台中运行命令。无论使用哪种方法,RStudio都会在您键入时自动填充匹配的函数名称。
预览并保存绘图是RStudio的另一个优势。在RStudio会话期间生成的图将显示在Plots右下方窗口的选项卡下,您可在此窗口中放大和缩小检查图。如需保存绘图,可将其另存为PDF或图像文件。
RStudio简化了导入和预览数据集的过程。在Environment右上方窗口的选项卡下,您可以导入数据集并支持多种格式。您甚至可以在加载数据集之前对其进行预览。加载数据集后,可使用View()命令或单击数据集名称来查看它。
一键查看命令历史记录是RStudio的实用功能。使用快捷键Command + Enter在Mac或Control + Enter在Linux和Windows上即可实现。另外,您可以访问History选项卡在右上窗口中查看整个命令历史记录。
为了保持良好的内务管理,确保每次打开RStudio时从一个空会话开始。避免将工作区保存,以防不可预见的挑战。通过打开Preferences > General并取消选择.RData在启动时还原到工作区的选项来实现这一目标。确保永远不要保存工作空间,如下所示。
组织项目工作对于多个分析尤为重要。RStudio提供了强大的项目功能,可让您将所有重要工作放在一个地方,包括代码脚本、绘图、图形、结果和数据集。通过File选项卡导航,选择创建新项目New Project...。您可以选择在新目录或现有目录中创建新项目。如果您使用的是R软件包或Shiny Web应用程序,RStudio提供专用的项目类型。
如果需要与同事共享工作,RStudio项目非常有用。您可以将项目文件(.Rproj)与所有支持文件一起发送,使您的同事轻松重新创建工作环境并重现结果。若希望实现无缝协作,引入软件包管理流程是明智之举。RStudio提供了renv软件包,它简化了R包管理,现在与RStudio项目兼容。
使用renv管理软件包版本将替代RStudio维护的Packrat软件包。要开始使用renv,请在RStudio中安装renv库。选择renv与所有新项目一起使用,或在现有项目中启用renv,通过Tools > Project Options > Environments并选中相应的框。
除了在RStudio中管理软件包,您还可以将GitHub与RStudio集成,以维护项目和R脚本的版本控制。查阅相关文章以了解GitHub与RStudio的集成。
RStudio提供了一个称为代码段的非常有用功能,用于插入通用代码块。我们推荐使用lib代码段,在调用library()函数加载R包时节省输入时间。另一个我们喜爱的fun片段是用于编写自定义函数的基本模板。您甚至可以添加自己的代码段,了解更多信息请查阅RStudio的代码片段文章。
如果您想研究某个函数的源代码,请将光标移至所需的函数并输入F2(Mac上可能需要输入fn + F2)。此功能适用于您使用的任何R包中的任何功能。若已编写要转换为函数的代码块,请突出显示该代码块,然后使用control + option X(Mac上为Ctrl + Alt + X)或control + option V(Mac上为Ctrl + Alt + V)在Linux / Windows上输入,将代码自动转换为所需的功能结构。
在某些情况下,您可能需要更改函数名称或函数中使用的变量。使用查找和替换可能令人不安,但RStudio提供了在范围内重命名的功能,仅限于感兴趣的变量或功能,防止意外替换代码脚本中其他位置的同名变量。通过选择要更改的函数或变量,然后使用control + shift + option + M(Mac)或Ctrl + Shift + Alt + M(Linux / Windows)进行操作。
RStudio支持多光标操作。按住option键(Mac)或Alt键(Linux / Windows)单击并拖动鼠标以实现多光标。
RStudio还支持Python编码。在RStudio中启动并运行Python的过程包括安装基本版本的Python、pip和virtualenv,创建Python环境,激活环境,安装所需的Python软件包,安装并配置R Reticulate软件包以使用Python等步骤。使用提供的代码可快速在RStudio中运行Python。
在RStudio中使用DBI包查询SQL非常容易。从生成内存中的SQL数据库开始,使用标准SQL查询从数据库中选择特定数据。查询结果可保存为数据框,并用于后续分析或生成图表。
RStudio现在提供了一个名为RStudio Desktop的基于云的版本,即RStudio Cloud。它允许您在无需安装软件的情况下在Web浏览器中进行编码,工作被组织为类似于桌面版本的项目,并允许您指定用于每个项目的R版本。RStudio Cloud还能轻松、安全地与同事共享项目,并确保每次访问项目时都能完全再现工作环境。RStudio Cloud的布局与RStudio Desktop非常相似。
总结,RStudio是一个功能丰富的工具,为R编程提供了强大的支持。通过掌握上述技巧和功能,您将能够更高效地进行数据分析、编写代码、管理项目、查询数据库以及与他人协作。RStudio Cloud扩展了这一能力,使您能够在云端进行编码,无需安装任何软件,只需一个Web浏览器即可。借助RStudio,您可以充分利用R语言的强大功能,进行高效且专业的数据分析工作。
å¦ä½å¨linuxä¸å®è£ RStudio
Ubuntu . å®è£ R
1ãæå¼ç»ç«¯è¾å ¥sudo gedit /etc/apt/sources.list
2ãå车ä¹åä¼èªå¨åºç°ä¸ä¸ªææ¬æ¡ï¼ç¶åæ deb http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/linux/ubuntu maverick/ æ·»å å°ææ¬æ¡éé¢ä¿å
3ãç»ç«¯è¾å ¥sudo apt-get update
4ãç»ç«¯è¾å ¥sudo apt-get install r-base r-base-dev
RStudioV最新版RStudioV最新版功能简介
大家好,关于RStudio V1.2. 最新版,RStudio V1.2. 最新版功能简介这个很多人还不知道,现在让我们一起来看看吧!RStudio官方版是针对R语言打造的一款开发语言环境工具,众所周知,要想一种编程语言可以被开发人员全方面的使用,开发语言环境是少不了的,R语言也不例外,RStudio可以让R语言挥发其最大的优势,带来可视化的编程环境,全面支持R脚本,让编程开发变得更加得心应手。
其它版本
本页面为广大用户提供的是RStudio官方最新版,界面简洁功能齐全,不过为了迎合国人的操作习惯以及语言,RStudio还有一个中文版本哦,全界面中文显示,操作更加简单,适合英文水平不及格的用户使用,下面小编就为大家带来下载链接,欢迎点击查看。
点击下载==》RStudio中文版
特色介绍
对于编程而言,最重要的就是代码编辑,而RStudio就非常贴心的为编程开发人员提供了语法高亮、代码完成和智能缩进等功能,你可以直接在源代码编辑器中执行你编写好的R代码,除此之外,它还可以帮你快速跳转到函数定义,让代码运行变得更加清晰,让代码编辑和执行变得更加简单。
RStudio官方版还为我们提供了帮助和文档功能,有了这两项功能,我们可以非常轻松的管理自己的多个工作目录,除此之外,它还具备了工作区浏览、数据查看、交互式调试器快速诊断和错误修复等功能。
你可以在编程的世界随心所欲的进行开发,拥有非常丰富的软件包开发环境,支持Sweave和R Markdown创作,有了它,你尽情的去展示你的心之所想。
除了普通的编程开发之外,它还支持HTML、PDF、PPT和Word的创作,因为其支持Git和Subversion的特性,展现了它的极大的包容性以及极强的兼容性。
使用方法
1、首先我们进入到RStudio,在主界面的左上角,我们可以看到一个脚本编辑窗口,也就是我们日常的编程窗口,我们可以在这当中编写代码,并且点击Run按钮即可运行代码,除了全局代码执行之外,它还支持部分代码运行哦。
2、如果我们想要创建新的脚本文件的话,我们可以点击File,然后从中选择New File,最后点击R Script即可。
3、如果我们想要自动保存自己的代码,那么就可以将Source on Save前的方框勾上,代码随时保存,放丢失。
4、除了上面说的功能之外,它还有其它非常丰富的功能,大家可以自己去挖掘哦。
5、看完了左上角的窗口,这时候我们要来讲讲左下角的窗口,下图所展示的是一个Rgui编辑窗口,我们可以在该窗口中编写代码,当然,它也可以为我们显示刚刚代码运行的结果。
6、右上角窗口包含了Environment以及History,History顾名思义就是我们代码运行的历史记录,点击To Console的话,我们就可以选择的代码自动放到左下角的窗口中进行执行,点击To Source的话,就是将代码放到左上角的光标位置。
7、讲完了History,我们接下来讲讲Environment,该窗口中的Save顾名思义就是用来保存的,而Import Dataset则是导入数据功能,而Clear就更加清楚了,是用来清理的。
安装方法
1、在本页面下载RStudio,下载完成之后点击解压;
2、双击运行程序“RStudio”,打开安装向导;
3、阅读完安装向导说明之后,我们就可以点击“下一步”进入到下个界面;
4、点击“目前文件夹”,选择合适的安装目录,确认之后点击“下一步”;
5、最后点击“安装”按钮即可实现软件的安装,稍等片刻,安装完成。
History显示方法
1、History位于RStudio的右上角窗口之中,我们可以点击获得History;
2、History是我们运行代码的历史记录,因此我们所有的代码记录都会保存在此。
3、To Console是代码运行按钮,你可以选择想要运行的代码,点击这个按钮就会进行执行,而To Source是将选择的代码插入到左上角的光标位置。