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1.vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程
2.VASP 5.4.4编译与安装
3.GROMACSGROMACS安装流程
4.如何在Ubuntu下安装lammps啊？
5.Windows用Visual Studio 2022编译支持CUDA12的gromacs 2024.2教程
6.RASPA教程之安装编译

vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程

       本文主要介绍了在CPU和GPU上安装VASP 6.3.0的详细步骤，包括使用spack管理和源码包的部署。首先，从百度网盘下载合适的源码包，建议将其放置在公共目录或用户的家目录，然后通过tar命令解压。前端源码阅读工具

       接下来，配置环境变量，确保Python3和必要的工具如git、patch已安装，同时添加基础编译器如gcc和gfortran。运行spack --version检查spack版本并配置编译器。在~/.spack目录下，创建config.yaml和modules.yaml文件，自定义软件安装位置、目录规范和加速编译设置，如禁用SSL验证和校验。

       在spack中添加本地源码包仓库，并配置bootstrap库以提高离线可用性。然后，查看spack收录的软件列表，根据机器类型（AMD和Intel）选择合适的依赖包，如MPI、数学库和FFTW等。对于AMD机器，推荐使用GNU库和mpich，而Intel机器则使用Intel SDK和nvhpc（仅GPU）。

       针对不同的Vasp版本（如5.4.4和6.3.0），需要编辑makefile.include文件进行特定配置，如修改编译选项和库路径。资金流量源码最后，创建环境变量脚本（如vasp.sh），以简化后续使用。对于GPU机器，还要注意声明qd库以避免运行时错误。

       此外，文章还提及了beef插件的编译和安装，以及phonopy和VASPkit的安装步骤，但需要注意的是，有些功能可能因版本兼容性问题而未进行详细测试。

VASP 5.4.4编译与安装

       本文提供如何在Linux Debian系统上安装和编译VASP 5.4.4的指南，同时介绍如何使用免费的Intel® oneAPI Base Toolkit与Intel® oneAPI HPC Toolkit替代付费的Intel Parallel Studio XE。以下为详细步骤：

       一、安装Intel的编译器与库

       首先，使用免费的Intel® oneAPI Base Toolkit与Intel® oneAPI HPC Toolkit安装所需的依赖库和编译器。推荐使用这两个工具以获取免费且易于更新的软件资源。注意，下载链接和哈希验证需确保文件完整与可执行。执行验证命令后，修改下载文件权限并按照指引完成安装。安装完成后，确认安装目录结构正确，并通过setvars.sh文件加载环境变量至.bashrc中，以实现每次终端启动时环境自动加载。

       二、编译环境配置

       安装完毕后，配置环境变量。首先运行setvars.sh文件以加载环境变量。若未出现此文件，vc界面mfc源码可选择手动添加路径至.bashrc文件中。接下来，编译libfftw3xf_intel.a文件，确保编译路径正确且文件生成。

       三、编译VASP

       开始编译VASP前，确保系统中已安装rsync命令。解压VASP 5.4.4源码包后，根据个人路径修改makefile.include文件。根据官方教程配置MKLROOT路径，检查是否正确，若不正确，手动添加至.bashrc文件。在文件中进行特定的配置修改，如添加编译对象、编译参数、链接库等。编译完成后，VASP可执行文件将被生成。

       四、将VASP添加至系统路径

       将生成的可执行文件添加至系统路径，推荐将文件放入/usr/bin目录下。在该目录下创建vasp文件夹，并将可执行文件复制至其中。同时，将路径添加至.bashrc文件以确保每次终端启动时自动加载。通过特定命令检查MKL与VASP是否成功链接。

       五、测试VASP

       使用提供的网站源码如何更新测试文件（包括INCAR、KPOINTS、POSCAR、POTCAR）测试VASP，确保系统能够正确执行计算，并生成所需的输出文件。检查OUTCAR文件以验证计算结果。

       六、解决常见问题与注意事项

       在编译过程中，注意Intel编译器与库版本的兼容性，避免使用过时的工具。配置环境变量时，可能会遇到缺少setvars.sh文件的情况，可选择重新安装或手动添加路径。安装rsync命令避免潜在的配置问题。在makefile.include文件中，正确配置INC参数以解决可能的编译错误。

       总结，遵循以上步骤并注意细节，您将能够成功安装、编译并运行VASP 5.4.4。如有疑问，可通过在线搜索获取更多帮助。

GROMACSGROMACS安装流程

       本文详细介绍了GROMACS的安装流程，包括解压缩源码包、编译特定组件以及设置环境变量等步骤。以下是安装GROMACS的详细步骤：

       1. 解压缩fftw，lam-mpi和gromacs源码包：

       解压缩fftw源码包：使用命令`tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz`执行解压操作。

       解压缩gromacs源码包：使用命令`tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz`进行解压。

       解压缩lam-mpi源码包：使用命令`tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz`完成解压。雨田订货源码

       2. 编译lam-mpi：

       切换到lam-7.1.3目录：使用`cd lam-7.1.3`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"`，注意可以省去`--without-fc`以编译mpif。

       编译和安装：运行`make`进行编译，随后使用`make install`进行安装。

       3. 设置MPI环境变量：

       添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin`。

       4. 编译fftw的单双精度版本：

       切换到fftw-3.1.2目录：使用`cd fftw-3.1.2`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。

       编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。

       编译fftw的单精度版本：执行`./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。

       5. 设置fftw环境变量：

       设置编译器参数：执行`export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include`和`export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib`。

       6. 编译gromacs：

       切换到gromacs-3.3.1目录：使用`cd gromacs-3.3.1`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi`进行配置。

       编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。

       7. 设置gromacs环境变量：

       添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin`。

       8. 附加步骤：编译gromacs源包中的其他文件（可选）：执行`make contrib`进行编译。

       更新：对于gromacs-4.0、fftw-3.2.1和lam7.1.4，安装流程与上述方法完全相同，只需更换相应的目录即可。

扩展资料

       GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.[1]

如何在Ubuntu下安装lammps啊？

       ç¼–译安装 需要你有基本的linux操作基础。要不就比较难搞了。

       æ€»çš„来讲：

       1.解压 参考tar命令，或者右键选择解压。

       2.编译配置 ./configure 参考源代码安装说明。

       3. 编译 执行make命令 可以去了解一下gcc的用法。

       4.安装 执行make install命令

       å…·ä½“步骤：

       ä»¥ä¸‹éœ€è¦root权限。

       -安装fftw

       ã€€ã€€1下载源码包fftw-2.1.5.tar.gz，解压 tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz

       ã€€ã€€2 cd fftw-2.1.5.

       ã€€ã€€3 ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw-gnu --enable-float

       ã€€ã€€å…¶å®ƒé€‰é¡¹:

       ã€€ã€€4 make

       ã€€ã€€5 make install

       ã€€ã€€äºŒå®‰è£…mpich

       ã€€ã€€1下载mpich.tar.gz

       ã€€ã€€2 cd mpich-1.2.7

**

       ã€€ã€€3 ./configure --prefix=/opt/mpich-gnu

       ã€€ã€€4 make

       ã€€ã€€5 make install

       ã€€ã€€ä¸‰ã€€ç¼–辑/etc/hosts.equiv文件，在其中加入本机主机名（用hostname可以得到），单独一行！

       ã€€ã€€å‰ä¸‰æ­¥éƒ½åœ¨root下进行。

       ã€€ã€€ä¸‹é¢çš„步骤都在自己的用户中进行

       ã€€ã€€å››ã€€å®‰è£…lammps

       ã€€ã€€1 tar xvzf lammps.tar.gz

       ã€€ã€€2 cd lammps

**

       ã€€ã€€3 cd src

       ã€€ã€€4 vim MAKE/Makefile.g++

       ã€€ã€€ä¿®æ”¹mpich的安装路径

       ã€€ã€€ä¿®æ”¹fftw的安装路径

       ã€€ã€€ï¼ˆæ¯ä¸ªéƒ½æœ‰ä¸¤å¤„，include前面和lib前面的部分）

       ã€€ã€€# g++ = RedHat Linux box, g++, MPICH2, FFTW

       ã€€ã€€SHELL = /bin/sh

       ã€€ã€€# System-specific settings

       ã€€ã€€CC = g++

       ã€€ã€€CCFLAGS = -g -O -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -

       ã€€ã€€DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw-gnu/include -I/opt/mpich-

       ã€€ã€€gnu/include

       ã€€ã€€DEPFLAGS = -M

       ã€€ã€€LINK = g++ -L/opt/mathlib/fftw-gnu/lib -L/opt/mpich-

       ã€€ã€€gnu/lib

       ã€€ã€€LINKFLAGS = -g -O

       ã€€ã€€USRLIB = -lfftw -lmpich

       ã€€ã€€SYSLIB = -lpthread

       ã€€ã€€ARCHIVE = ar

       ã€€ã€€ARFLAGS = -rc

       ã€€ã€€SIZE = size

       ã€€ã€€# Link target

       ã€€ã€€$(EXE): $(OBJ)

       ã€€ã€€$(LINK) $(LINKFLAGS) $(OBJ) $(USRLIB) $(SYSLIB) -o $(EXE)

       ã€€ã€€$(SIZE) $(EXE)

       ã€€ã€€# Library target

       ã€€ã€€lib: $(OBJ)

       ã€€ã€€$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)

       ã€€ã€€# Compilation rules

       ã€€ã€€%.o:%.cpp

       ã€€ã€€$(CC) $(CCFLAGS) -c $<

       ã€€ã€€%.d:%.cpp

       ã€€ã€€$(CC) $(CCFLAGS) $(DEPFLAGS) $< > $@

       ã€€ã€€# Individual dependencies

       ã€€ã€€DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)

       ã€€ã€€include $(DEPENDS)

       ã€€ã€€5 make g++ (在src目录下)

       ã€€ã€€ç”Ÿæˆlmp_g++

       ã€€ã€€å››ã€€è¿è¡Œlammps

       ã€€ã€€1 cd ../bench

       ã€€ã€€2 /opt/mpich-gnu/bin/mpirun -np ../src/lmp_g++ <in.chain

Windows用Visual Studio 编译支持CUDA的gromacs .2教程

       为了在 Windows 上使用 Visual Studio 编译 Gromacs .2 版本支持 CUDA，您需要遵循以下步骤。

       首先，安装 Visual Studio ，无论是企业版、专业版还是社区版均可，确保在安装时选择使用 C++ 的桌面开发组件。

       其次，下载并安装 CUDA ，从官方 CUDA Toolkit Archive 获取。

       接着，下载并安装 FFTW3.3.，从 fftw.org 下载相应的库。

       打开命令提示符，解压 FFTW3.3. 的源码，并在目录中建立 build 文件夹。

       进入 build 文件夹，然后在命令提示符中执行编译安装命令。

       修改 CUDA 头文件中的 host_config.h，定位到大约第 行，将版本号从 改为 ，确保编译过程顺利。

       下载 Gromacs .2 的编译源码，从提供的链接获取。

       下载完成后，解压缩源码，进入 build 目录，执行 cmake 命令进行配置。

       在 cmake 配置时，选择合适的 GMX_CUDA_TARGET_SM 参数，根据您的显卡选择 sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_ 中的一个，我以 sm_ 为例，即 -DGMX_CUDA_TARGET_SM=。

       编译时可能会遇到错误，如 nvcc fatal 错误或 CMake 错误。解决这类问题需要耐心，确保按照配置正确地执行编译过程。

       如果需要比较修改的代码，可以使用 Beyond_Compare 工具进行代码对比，下载地址为提供的链接。

RASPA教程之安装编译

       RASPA，由西北大学Snurr组开发的多用途计算软件，适用于气体、液体、分子筛、硅铝酸盐、金属有机骨架材料的分子动力学（MD）及蒙特卡洛模拟（MC），尤其擅长高通量气体吸附计算。

       编译及安装RASPA需先确保C编译器安装，推荐gcc或icc。fftw、blas、lapack为可选组件，但建议一并安装以优化性能。通过GitHub等平台下载RASPA的最新源代码。

       安装前，需在${ HOME}/.bashrc文件中设置RASPA_dir环境变量，指定RASPA的安装位置。完成配置后，进入RASPA源代码目录，执行编译指令。

       运行RASPA时，需要准备两个文件：run文件与input文件，后者必须命名为simulation.input，内含模拟所需参数。这两个文件应放置于同一目录。在终端输入bash run命令启动模拟。

       模拟生成的数据保存于../Output/System_0/output_Box_1.1.1_._0.data路径下。可通过文本方式打开数据文件。在高通量计算中，使用编程工具批量读取数据，实现高效数据分析。

如何在MacBook上安装gromacs

       MacBook上gromacs安装流程：

       (1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码

       tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz

       tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz

       tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

       (2) 编译lam-mpi

       cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"

       make

       make install

       æ³¨ï¼š--without-fc是不编译mpif，可以去掉

       (3) 添加mpi环境变量

       export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

       (4) 编译fftw单双精度版

       cd fftw-3.1.2

       ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

       make

       make install

       make distclean

       ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

       (3) 设置fftw环境变量

       export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include

       export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

       (4) 编译gromacs

       cd gromacs-3.3.1

       ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi

       make

       make install

       make distclean

       ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float

       (5) 设置gromacs环境变量

       export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)

       (6) 编译gromacs源包里的其它文件（可选）

       make contrib

LAMMPSLAMMPS编译安装

       本文详细描述了在Linux环境下使用LAMMPS进行安装和编译的步骤。LAMMPS全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是一个广泛使用的分子动力学模拟软件。

       首先，切换到根目录并以root权限执行以下步骤：

       1. 使用sudo命令以root权限登录。

       2. 下载并解压fftw源码包。

       3. 进入解压后的目录，配置并安装fftw。

       4. 进行mpich的下载、配置、安装。

       5. 编辑/etc/hosts.equiv文件，加入本机主机名。

       以上步骤均需在root权限下操作。

       随后，在自己的用户目录中执行以下步骤：

       1. 下载并解压LAMMPS源码包。

       2. 进入LAMMPS的源码目录。

       3. 编辑MAKE/Makefile.g++文件，修改mpich和fftw的安装路径。

       4. 在src目录下执行make g++命令，生成lmp_g++。

       5. 进入bench目录，使用mpirun命令运行LAMMPS。

       注意：上述步骤中，所有路径需替换为实际安装目录。

       完成上述步骤后，LAMMPS已成功安装并可进行模拟运行。这一过程详细展示了LAMMPS的安装流程，并且提供了实际操作中可能遇到的配置细节，有助于用户顺利进行分子动力学模拟。

GROMACS安装

       GROMACS是广泛应用于模拟生物分子性质的分子动力学软件，具有运算速度快、开源免费、力场丰富、功能强大等优势。软件基于C/C++编写，代码量庞大，支持单精和双精模式，单精模式因运算速度快而更受欢迎。GROMACS的工作流程包括前处理、模拟和后处理三个阶段。

       安装GROMACS时，推荐使用镜像安装，源码安装较为复杂。若选择源码安装，需注意编译器推荐使用gcc，并确保版本为最新，以获得最佳性能，最低要求为C++支持。不建议使用PGI编译器。GROMACS支持多种并行模式，但需注意组合使用时的性能差异。若进行跨节点计算，需安装MPI软件，但单节点运行时无需安装。

       数学库方面，建议使用FFTW（版本3及以上）或Intel MKL库，以支持快速傅立叶变换。可使用cmake参数设置库选择，并考虑CUDA加速。若使用CUDA，需确保与GROMACS兼容，并添加CUDA路径。FFTW通常提供更好的性能。

       NVIDIA提供优化的GROMACS安装镜像，用户可在NGC网站注册后下载使用。下载镜像后，可从GROMACS官网下载基准测试案例，并按照指示进行配置和测试。此方法简化了安装和测试流程。