1.如何在MacBook上安装gromacs
2.GROMACS安装
3.GROMACSGROMACS安装流程
4.Windows用Visual Studio 2022编译支持CUDA12的gromacs 2024.2教程
5.科学家开发一款MD小白友好型模拟工具
6.Auto-FEP for Gromacs

如何在MacBook上安装gromacs

       MacBook上gromacs安装流程：

       (1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码

        tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz

        tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz

        tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

       (2) 编译lam-mpi

        cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"

        make

        make install

        注：--without-fc是不编译mpif，可以去掉

       (3) 添加mpi环境变量

        export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

       (4) 编译fftw单双精度版

        cd fftw-3.1.2

        ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

        make

        make install

        make distclean

        ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2

       (3) 设置fftw环境变量

        export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include

        export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

       (4) 编译gromacs

        cd gromacs-3.3.1

        ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi

        make

        make install

        make distclean

        ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float

       (5) 设置gromacs环境变量

        export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)

       (6) 编译gromacs源包里的其它文件（可选）

        make contrib

GROMACS安装

       GROMACS是广泛应用于模拟生物分子性质的分子动力学软件，具有运算速度快、开源免费、力场丰富、功能强大等优势。软件基于C/C++编写，如何阅读vuets源码代码量庞大，支持单精和双精模式，单精模式因运算速度快而更受欢迎。GROMACS的工作流程包括前处理、模拟和后处理三个阶段。

       安装GROMACS时，推荐使用镜像安装，源码安装较为复杂。若选择源码安装，需注意编译器推荐使用gcc，并确保版本为最新，以获得最佳性能，最低要求为C++支持。不建议使用PGI编译器。GROMACS支持多种并行模式，但需注意组合使用时的2018ssc源码性能差异。若进行跨节点计算，需安装MPI软件，但单节点运行时无需安装。

       数学库方面，建议使用FFTW（版本3及以上）或Intel MKL库，以支持快速傅立叶变换。可使用cmake参数设置库选择，并考虑CUDA加速。若使用CUDA，需确保与GROMACS兼容，并添加CUDA路径。FFTW通常提供更好的性能。

       NVIDIA提供优化的GROMACS安装镜像，用户可在NGC网站注册后下载使用。下载镜像后，可从GROMACS官网下载基准测试案例，并按照指示进行配置和测试。此方法简化了安装和测试流程。

GROMACSGROMACS安装流程

       本文详细介绍了GROMACS的安装流程，包括解压缩源码包、编译特定组件以及设置环境变量等步骤。vb 操作 excel 源码以下是安装GROMACS的详细步骤：

       1. 解压缩fftw，lam-mpi和gromacs源码包：

       解压缩fftw源码包：使用命令`tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz`执行解压操作。

       解压缩gromacs源码包：使用命令`tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz`进行解压。

       解压缩lam-mpi源码包：使用命令`tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz`完成解压。

       2. 编译lam-mpi：

       切换到lam-7.1.3目录：使用`cd lam-7.1.3`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"`，注意可以省去`--without-fc`以编译mpif。

       编译和安装：运行`make`进行编译，随后使用`make install`进行安装。

       3. 设置MPI环境变量：

       添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin`。

       4. 编译fftw的单双精度版本：

       切换到fftw-3.1.2目录：使用`cd fftw-3.1.2`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。

       编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。

       编译fftw的单精度版本：执行`./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。

       5. 设置fftw环境变量：

       设置编译器参数：执行`export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include`和`export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib`。

       6. 编译gromacs：

       切换到gromacs-3.3.1目录：使用`cd gromacs-3.3.1`进行切换。

       配置编译选项：执行`./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi`进行配置。

       编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，拼卡部落源码最后执行`make distclean`清理编译残留。

       7. 设置gromacs环境变量：

       添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin`。

       8. 附加步骤：编译gromacs源包中的其他文件（可选）：执行`make contrib`进行编译。

       更新：对于gromacs-4.0、fftw-3.2.1和lam7.1.4，安装流程与上述方法完全相同，只需更换相应的目录即可。

扩展资料

       GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.[1]

Windows用Visual Studio 编译支持CUDA的gromacs .2教程

       为了在 Windows 上使用 Visual Studio 编译 Gromacs .2 版本支持 CUDA，您需要遵循以下步骤。

       首先，安装 Visual Studio ，无论是企业版、专业版还是社区版均可，确保在安装时选择使用 C++ 的桌面开发组件。

       其次，下载并安装 CUDA ，从官方 CUDA Toolkit Archive 获取。

       接着，下载并安装 FFTW3.3.，从 fftw.org 下载相应的库。

       打开命令提示符，带刷正版源码解压 FFTW3.3. 的源码，并在目录中建立 build 文件夹。

       进入 build 文件夹，然后在命令提示符中执行编译安装命令。

       修改 CUDA 头文件中的 host_config.h，定位到大约第 行，将版本号从 改为 ，确保编译过程顺利。

       下载 Gromacs .2 的编译源码，从提供的链接获取。

       下载完成后，解压缩源码，进入 build 目录，执行 cmake 命令进行配置。

       在 cmake 配置时，选择合适的 GMX_CUDA_TARGET_SM 参数，根据您的显卡选择 sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_, sm_ 中的一个，我以 sm_ 为例，即 -DGMX_CUDA_TARGET_SM=。

       编译时可能会遇到错误，如 nvcc fatal 错误或 CMake 错误。解决这类问题需要耐心，确保按照配置正确地执行编译过程。

       如果需要比较修改的代码，可以使用 Beyond_Compare 工具进行代码对比，下载地址为提供的链接。

科学家开发一款MD小白友好型模拟工具

       来自微信公众号分子动力学的文章报道了一项新进展，即科学家们在巴西朗多尼亚州联邦大学的生物信息与药化实验室Fernando Berton Zanchi团队开发了一款名为Visual Dynamics (VD) 的Web工具。这款工具旨在简化在GROMACS中的生物学模拟过程，使之更加用户友好。

       VD允许用户通过图形界面无须编程知识，提交自由形式或与配体结合的蛋白质模拟任务。模拟结束后，用户可下载包含图形分析和日志文件的资料。这款工具是基于Python的Flask框架开发的，其源代码可以在GitHub上免费获取，地址为：/LABIOQUIM/vi...

       自年分子动力学(MD)首次应用于生物学以来，随着计算能力的提升和编程技术的进步，MD在不断发展。尽管早期MD软件如GROMACS、AMBER和NAMD采用命令行界面(CLI)，但现在，Web界面被视为GUI的进化。然而，MD的执行方式依然主要依赖于命令行，这给非专业用户带来了挑战。

       Visual Dynamics的出现解决了这个问题，它提供了两种模拟选项：独立的生物分子（如载脂蛋白）和生物大分子与小配体的相互作用。用户可以上传PDB文件，选择力场等参数，甚至下载包含执行命令的文本文件。对于在Web服务器上运行，只需点击“Execute”，整个过程将自动进行。

       模拟过程包括经典的准备、溶剂化等步骤，结果分析则通过Grace应用程序生成的图像，用户可以直观地查看。此外，VD支持在线下载日志文件和MDps文件，使得数据管理和分析更为便捷，即使是缺乏计算机技能的用户也能操作。这款工具的目标是降低MD应用的学习门槛，让研究者在无需担心技术细节的情况下，专注于数据分析。

Auto-FEP for Gromacs

       本篇内容旨在提供使用 Gromacs 实现自由能微扰 (FEP) 的自动化脚本，以简化繁杂的批处理流程。FEP 是在经典物理领域计算自由能最准确的方法，而 Gromacs 已经支持 FEP 的计算。然而，使用 Gromacs 进行 FEP 计算时，仍存在一定的批处理复杂性。为了解决这一问题，本文提供了一系列 shell 脚本，包括基于服务器（使用 slurm 调度系统）和基于个人电脑的脚本，以方便用户在不同环境下的 FEP 计算需求。若在使用过程中遇到任何问题，请联系作者以获取支持。

       在进行 FEP 计算前，请确保您的系统满足以下要求：

       Gromacs 安装（版本应新于 5.0.0）。

       Alchemical-analysis 安装，遵循其官网教程，使用已修改过的源代码以解决潜在问题。

       接下来是操作流程，请遵循以下步骤：

       准备工作：

       在主文件夹中，将所有配置好的文件（如 .top、.itp、.ndx、.mdp、.gro 等）和根据任务自定义修改后的 .mdp、.ndx 等文件复制到主目录中。确保只有一个 .gro 文件，以便脚本正确识别。

       如果使用的是自定义力场，请将相关 .ff 文件一同复制到主目录。

       将所有脚本（根据设备环境选择 PC 脚本或服务器脚本）复制到主目录。

       操作流程：

       1. 主文件夹配置：在此步骤中，需在主目录中准备所有必要的文件和脚本，确保每个文件都已正确设置和准备用于 FEP 计算。

       2. 运行脚本：根据设备环境选择相应的脚本，进行自动化 FEP 计算。

       PC 脚本：一键运行，但未测试过，可能存在错误或效率问题。

       服务器脚本：分为多个阶段，包括：

       Prepare.sh：配置 个窗口的子文件夹，并在每个窗口中修改参数和复制文件。

       Minimization.sh：依次运行能量最小化任务，这些任务时间极短，因此在当前终端执行。

       Npt.sh 和 Npt_sub.sh：Npt_sub.sh 检查每个窗口中的最小化任务是否成功，如果成功，则通过 gmx grompp 和 npt.sh 进行后台提交。需注意手动调整部分脚本以适应特定任务需求，并优化 mdrun 命令。

       Md.sh 和 Md_sub.sh：与 Npt 同理，用于提交分子动力学模拟任务。

       Collect.sh：在主目录下运行，收集并分析 dhdl 文件。

       未来规划：计划实现一键分析功能，以提高使用效率。以下为当前的自动化流程示意图，具体步骤请参照上述说明。