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1.Ubuntu18.04下安装mpich2（HYDRA3.3a2）
2.LAMMPSLAMMPS编译安装
3.如何在Ubuntu下安装lammps啊？
4.vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程
5.地表灾害动力过程数值模拟软件Massflow
6.Linux虚拟机安装、码优openmp与mpi并行环境配置

Ubuntu18.04下安装mpich2（HYDRA3.3a2）

       Ubuntu.下安装mpich2，码优直接使用命令sudo apt install mpich即可简单完成。码优对于源码编译，码优未来有机会再深入探讨。码优安装mpich的码优AMD源码目的是为了支持国产开源CFD软件OneFLOW所需的并行计算能力，确保跨平台环境搭建。码优

       安装完毕后，码优通过mpicxx --version查看版本信息，码优发现自动调用的码优是g++9.2.1，其他版本类似也进行了相应测试。码优

       mpirun命令提供更多信息，码优显示出版本为hydra3.3a2，码优表明是码优较新版本。尝试直接下载源码编译，码优结果与通过apt安装的版本相近。

       使用源码示例程序运行时，遇到了找不到文件的困扰，影响了测试心情。对比c代码，发现无明显问题，引领源码暗示环境配置大致正确。

       测试并行运行功能，使用mpirun -n 4 ./cpi命令，发现可以成功并行，输出结果稍显杂乱。深入研究cxxpi.cxx文件，发现定义了预定义宏，导致简单代码编译失败。

       通过调整mpicxx命令，增加预定义宏DHAVE_CXX_IOSTREAM和DHAVE_NAMESPACE_STD，成功解决了c++部分的问题。最终，运行mpirun -n 8 ./cxxpi确保了复杂环境的通过。

       Ubuntu.与gcc9.2.1下的mpich2环境安装成功，对于有兴趣的读者，可以借鉴这些经验应用到更为复杂的项目中。

LAMMPSLAMMPS编译安装

       本文详细描述了在Linux环境下使用LAMMPS进行安装和编译的步骤。LAMMPS全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是一个广泛使用的分子动力学模拟软件。

       首先，libpassguard源码切换到根目录并以root权限执行以下步骤：

       1. 使用sudo命令以root权限登录。

       2. 下载并解压fftw源码包。

       3. 进入解压后的目录，配置并安装fftw。

       4. 进行mpich的下载、配置、安装。

       5. 编辑/etc/hosts.equiv文件，加入本机主机名。

       以上步骤均需在root权限下操作。

       随后，在自己的用户目录中执行以下步骤：

       1. 下载并解压LAMMPS源码包。

       2. 进入LAMMPS的源码目录。

       3. 编辑MAKE/Makefile.g++文件，修改mpich和fftw的安装路径。

       4. 在src目录下执行make g++命令，生成lmp_g++。

       5. 进入bench目录，使用mpirun命令运行LAMMPS。

       注意：上述步骤中，openurl源码所有路径需替换为实际安装目录。

       完成上述步骤后，LAMMPS已成功安装并可进行模拟运行。这一过程详细展示了LAMMPS的安装流程，并且提供了实际操作中可能遇到的配置细节，有助于用户顺利进行分子动力学模拟。

如何在Ubuntu下安装lammps啊？

       ç¼–译安装 需要你有基本的linux操作基础。要不就比较难搞了。

       æ€»çš„来讲：

       1.解压 参考tar命令，或者右键选择解压。

       2.编译配置 ./configure 参考源代码安装说明。

       3. 编译 执行make命令 可以去了解一下gcc的用法。

       4.安装 执行make install命令

       å…·ä½“步骤：

       ä»¥ä¸‹éœ€è¦root权限。

       -安装fftw

       ã€€ã€€1下载源码包fftw-2.1.5.tar.gz，解压 tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz

       ã€€ã€€2 cd fftw-2.1.5.

       ã€€ã€€3 ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw-gnu --enable-float

       ã€€ã€€å…¶å®ƒé€‰é¡¹:

       ã€€ã€€4 make

       ã€€ã€€5 make install

       ã€€ã€€äºŒå®‰è£…mpich

       ã€€ã€€1下载mpich.tar.gz

       ã€€ã€€2 cd mpich-1.2.7

       ã€€ã€€3 ./configure --prefix=/opt/mpich-gnu

       ã€€ã€€4 make

       ã€€ã€€5 make install

       ã€€ã€€ä¸‰ã€€ç¼–辑/etc/hosts.equiv文件，在其中加入本机主机名（用hostname可以得到），单独一行！

       ã€€ã€€å‰ä¸‰æ­¥éƒ½åœ¨root下进行。

       ã€€ã€€ä¸‹é¢çš„步骤都在自己的用户中进行

       ã€€ã€€å››ã€€å®‰è£…lammps

       ã€€ã€€1 tar xvzf lammps.tar.gz

       ã€€ã€€2 cd lammps

       ã€€ã€€3 cd src

       ã€€ã€€4 vim MAKE/Makefile.g++

       ã€€ã€€ä¿®æ”¹mpich的安装路径

       ã€€ã€€ä¿®æ”¹fftw的安装路径

       ã€€ã€€ï¼ˆæ¯ä¸ªéƒ½æœ‰ä¸¤å¤„，include前面和lib前面的部分）

       ã€€ã€€# g++ = RedHat Linux box, g++, MPICH2, FFTW

       ã€€ã€€SHELL = /bin/sh

       ã€€ã€€# System-specific settings

       ã€€ã€€CC = g++

       ã€€ã€€CCFLAGS = -g -O -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -

       ã€€ã€€DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw-gnu/include -I/opt/mpich-

       ã€€ã€€gnu/include

       ã€€ã€€DEPFLAGS = -M

       ã€€ã€€LINK = g++ -L/opt/mathlib/fftw-gnu/lib -L/opt/mpich-

       ã€€ã€€gnu/lib

       ã€€ã€€LINKFLAGS = -g -O

       ã€€ã€€USRLIB = -lfftw -lmpich

       ã€€ã€€SYSLIB = -lpthread

       ã€€ã€€ARCHIVE = ar

       ã€€ã€€ARFLAGS = -rc

       ã€€ã€€SIZE = size

       ã€€ã€€# Link target

       ã€€ã€€$(EXE): $(OBJ)

       ã€€ã€€$(LINK) $(LINKFLAGS) $(OBJ) $(USRLIB) $(SYSLIB) -o $(EXE)

       ã€€ã€€$(SIZE) $(EXE)

       ã€€ã€€# Library target

       ã€€ã€€lib: $(OBJ)

       ã€€ã€€$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)

       ã€€ã€€# Compilation rules

       ã€€ã€€%.o:%.cpp

       ã€€ã€€$(CC) $(CCFLAGS) -c $<

       ã€€ã€€%.d:%.cpp

       ã€€ã€€$(CC) $(CCFLAGS) $(DEPFLAGS) $< > $@

       ã€€ã€€# Individual dependencies

       ã€€ã€€DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)

       ã€€ã€€include $(DEPENDS)

       ã€€ã€€5 make g++ (在src目录下)

       ã€€ã€€ç”Ÿæˆlmp_g++

       ã€€ã€€å››ã€€è¿è¡Œlammps

       ã€€ã€€1 cd ../bench

       ã€€ã€€2 /opt/mpich-gnu/bin/mpirun -np ../src/lmp_g++ <in.chain

vasp6.3.0 cpu/gpu 安装教程

       本文主要介绍了在CPU和GPU上安装VASP 6.3.0的详细步骤，包括使用spack管理和源码包的部署。首先，从百度网盘下载合适的源码包，建议将其放置在公共目录或用户的家目录，然后通过tar命令解压。

       接下来，配置环境变量，确保Python3和必要的工具如git、patch已安装，同时添加基础编译器如gcc和gfortran。运行spack --version检查spack版本并配置编译器。在~/.spack目录下，创建config.yaml和modules.yaml文件，xpath 源码自定义软件安装位置、目录规范和加速编译设置，如禁用SSL验证和校验。

       在spack中添加本地源码包仓库，并配置bootstrap库以提高离线可用性。然后，查看spack收录的软件列表，根据机器类型（AMD和Intel）选择合适的依赖包，如MPI、数学库和FFTW等。对于AMD机器，推荐使用GNU库和mpich，而Intel机器则使用Intel SDK和nvhpc（仅GPU）。

       针对不同的Vasp版本（如5.4.4和6.3.0），需要编辑makefile.include文件进行特定配置，如修改编译选项和库路径。最后，创建环境变量脚本（如vasp.sh），以简化后续使用。对于GPU机器，还要注意声明qd库以避免运行时错误。

       此外，文章还提及了beef插件的编译和安装，以及phonopy和VASPkit的安装步骤，但需要注意的是，有些功能可能因版本兼容性问题而未进行详细测试。

地表灾害动力过程数值模拟软件Massflow

       软件介绍：Massflow是一款高效的地表动力过程模拟工具，专门用于模拟山体滑坡、泥石流、雪崩等灾害的动态演变过程，以及城市洪涝、水文调控、溃坝灾害等问题。此软件提供全面的风险评估、基础设施规划和应急救灾策略支持。

       Massflow软件特色：它采用Maccormack-TVD有限差分计算算法，通过Fortran、C#等语言实现，并融合MPICH分布式并行与OpenMP共享内存并行计算，优化网格重划分方法，以确保快速、精确的地质灾害动力过程模拟。

       软件特征：在集群并行模式下，Massflow能处理亿级计算网格，支持多核共享内存并行计算，自适应求解算法，提供一键执行命令流，并附带核心源代码，方便用户自主开发。

       物理模型：软件支持Coulomb、Voellmy、Manning、Bingham等模型，以及用户自定义模型。

       应用范围：软件适用于模拟多种地质灾害，进行灾害危险性定量风险评价，模拟山地灾害链，进行水文过程调控，为泥石流预测预报、风险评估、防治工程效果评估和主动减灾技术研发提供关键技术支持。

       访问官网：massflow-software.com/，获取支持。

Linux虚拟机安装、openmp与mpi并行环境配置

       使用VMware Workstation Pro安装Linux虚拟机。

       前往VMware官网下载Workstation Pro的安装包。

       双击运行安装，按照向导步骤点击下一步完成设置。

       在体验设置中建议勾选安装相关选项并点击下一步。

       设置快捷方式，完成安装步骤。

       输入许可证码（如：YF-0HF8P-MRQ-2DXQE-M2UT6）。

       虚拟机安装完成，通过桌面快捷方式启动。

       下载Ubuntu镜像文件，利用清华大学开源软件镜像站加速。

       在VMware中创建新的虚拟机，选择自定义设置。

       安装配置中，选择“稍后安装操作系统”，并选择Linux系统。

       填写虚拟机名称和配置内存大小（如4GB）。

       设置网络、磁盘类型和大小，配置完成后，添加ISO映像文件。

       开启虚拟机，安装过程包括选择键盘布局、操作系统安装模式、安装位置等。

       安装过程中选择最小安装选项并输入必要信息。

       等待安装完成，重启虚拟机。

       Ubuntu安装完毕后即可使用。

       在Linux环境配置并行环境。

       打开终端，更新系统：运行sudo apt update。

       安装C++语言和OpenMP相关软件包，执行sudo apt install build-essential命令。

       验证OpenMP成功安装：输入gcc -v。

       安装MPI环境，首先从MPICH网站下载源码包mpich-4.0.2.tar.gz，然后解压并配置安装路径：./configure -prefix=/home/lpf/mpi。

       编译并安装MPI，使用sudo make安装。

       配置环境变量，打开~/.bashrc，在文件末尾添加以下内容：

       export MPI_ROOT=/home/lpf/mpi/mpi4

       export PATH=$MPI_ROOT/bin:$PATH

       export MANPATH=$MPI_ROOT/man:$MANPATH

       验证环境变量配置，使用which命令。

       检查并行环境配置，执行mpirun -np 4 ./cpi命令进行测试。

       成功输出表示并行环境配置完成。