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1.LAMMPS简介
2.粗粒化分子动力学的修改实现及源码修改
3.Lammps从原理到实践(2)：Lammps语法和源码结构
4.windows安装lammps缺点
5.lammps 改写源代码怎么重新编译
6.lammps和vasp的区别

LAMMPS简介

       LAMMPS，即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，源码源代被广泛应用于分子动力学相关计算与模拟。修改其功能涵盖从气态、源码源代液态到固态，修改以及不同系统组态下的源码源代3g网站 源码百万级原子分子体系。LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，修改并以GPL许可发布，源码源代这意味着用户可以自由获取并根据需要修改源代码。修改该软件具备良好的源码源代并行扩展性，支持分布式内存MPI，修改并通过空间分解模拟领域实现并行计算。源码源代LAMMPS以C++编写，修改兼容MPI和单处理器FFT等可选库，源码源代便于用户扩展新特性和功能。修改

       LAMMPS运行基于输入脚本，提供定义和使用变量、公式以及循环控制的语法，允许用户从一个脚本中同时运行一个或多个模拟（并行）。其支持广泛的应用场景，包括但不限于材料科学、化学、生物学等领域的书单分享源码研究，为用户提供了一种高效、灵活的计算模拟工具。

       作为一个开源软件，LAMMPS不仅提供了强大的计算能力，还具有高度的可扩展性和灵活性，使得科研人员能够根据具体需求进行定制化开发。在多个科学领域中，LAMMPS成为分子动力学模拟的首选工具之一，为科学家提供了深入理解复杂系统行为的有力工具。

粗粒化分子动力学的实现及源码修改

       粗粒化分子动力学(CGMD)是一种提升时间空间计算尺度的算法，通过简化全原子模型为粗粒化粒子模型，使用代表性珠子代替原子，以及粗粒化力场进行牛顿力学计算，显著降低计算成本，尽管牺牲了一些原子级信息，但在更大尺度上的计算预测效果较好。CGMD在有机体领域研究较多，但对于金属等材料的研究和力场开发相对不足。本文总结了过去的研究经历和发现。

       一、粗粒化实现原理

       CGMD依托分子动力学计算框架，需要计算粒子间的自助 终端 源码相互作用势进行牛顿迭代以获取粒子轨迹和相互作用力。建模和势函数是必须的，计算算法可直接沿用MD算法。金属粗粒化建模需要保持原有晶体结构，并使整体能量不变。以fcc铜为例，每个粗粒化珠子代表八个铜原子，建立粗粒化晶胞。势函数修改遵循总势能不变、粒子间对势不变的准则，总能量不变是粗粒化体系的基本前提，势函数修改简化计算假设。

       二、粗粒化实现过程

       粗粒化晶胞建模可使用atomsk工具或在lammps内部，调整晶胞晶格常数和原子质量。势函数修改较为复杂，以EAM势函数为例，需要调整势函数文件，包括元素原子序数、质量、晶格常数和类型声明，势函数矩阵的调整，以及通过插值方法获取未知点值，tcp connect源码确保粗粒化珠子在不同距离上具有相同的势能。同时需要修改Nr和cutoff参数。

       三、lammps源码修改

       lammps源码修改集中在pair系列文件，对eam势函数文件进行调整，通过修改计算势能的函数，确保计算结果与粗粒化程度一致。将计算结果写入到force头文件中，方便调用。编译修改后的lammps源码，进行算例测试，验证计算结果。

       四、结果验证

       对单晶铜单轴拉伸算例进行计算，对比原MD结果。发现CGMD计算出现失真现象，原因在于使用的势函数过于粗糙。更换更精确的mishin势后，精度显著提高，但仍存在误差。分析误差原因，模型过小导致计算结果失真，deepdream源码开发而非单纯精度问题。线性插值方法精度较低，考虑使用更高精度的插值法进行势函数修改。

       五、结论

       实现CGMD计算工具的过程并不复杂，但需要考虑多个实现思路。CGMD在金属材料研究领域的应用前景良好，通过调整算法和参数，可以进一步提升计算精度和效率。后续研究可能涉及更高级的插值方法、更精确的势函数和对CGMD算法的优化。

Lammps从原理到实践(2)：Lammps语法和源码结构

       学习分子动力学计算领域，从原理到实践，Lammps作为开源软件，是许多研究者和学生的重要工具。Lammps的建模能力和强大的求解器功能使得它在这一领域内拥有很高的地位。尽管它没有图形化交互界面，这可能会对学习和理解造成一定的挑战，但它促使我们深入探索软件的基础和原理，从而提升对程序的掌控能力。

       在Lammps的使用中，我们主要与input文件进行互动。input文件是Lammps程序理解并执行的指令集，正确编写input文件是实现想法的关键。虽然市面上已有详尽的input文件语法和规范介绍，但理解每个命令背后的物理意义和源码实现才是学习的重点。Lammps源码的深入解读，对于提升程序理解和修改能力尤为重要。

       深入Lammps源码与结构

       Lammps的源码主要以C++语言编写，文件扩展名为.cpp和.h。.cpp文件包含了用于执行计算的函数、类和方法，而.h文件作为头文件，用于声明变量和函数，并允许不同cpp文件调用以实现代码复用，提高可读性和执行效率。大部分cpp文件对应着一个.h文件，提供了方便的修改途径。源码执行依赖于正确编译，确保所有src下的文件参与编译，可选包的启用会影响编译过程。

       Lammps运行过程从主程序开始，依次执行各类功能。lammps.cpp和lammps.h文件作为基础类，负责实例化、解析输入脚本、划分处理器、构造集成类和构建邻居列表等。之后，通过pair、fix等命令进行计算，最终输出结果。尽管lammps负责管理许多功能，但大多数实际计算工作由子类完成，这使得源码结构设计更加合理，便于修改和阅读。

       源码解析与实例

       在主程序启动后，Lammps实例化关键功能，建立完整的计算环境，接下来是设定计算参数或前处理步骤。这通常涉及调用input.cpp文件解析输入脚本，理解命令与函数之间的调用关系，以及如何通过关键参数传递信息。这构成了Lammps程序执行的基本流程，确保指令被正确读取并执行。

       源码解读关注调用、声明和执行函数部分。调用关系展示了文件间的继承和调用结构，声明是函数和变量使用的必要步骤，而执行函数是修改的关键所在。许多cpp文件中的内容专注于初始化和规范化运行，这些部分通常不需要修改。分离执行函数和理解其工作流程是关键。

       总结

       本文仅为Lammps源码结构和部分源码解析提供了一个概览。深入理解Lammps源码需要系统地阅读和分析不同cpp和h文件，理解命令的物理意义和实现细节。虽然此领域的源码解读工作量巨大，但通过分步骤地解析cpp文件，逐步了解Lammps的运行机制，对于提升程序理解与修改能力具有重要意义。尽管目前的解读相对简略，但对于追求深入学习Lammps的用户来说，提供了一个良好的起点。

windows安装lammps缺点

       ä¸é€‚合大部分人群。

       1、大规模原子分子并行模拟器。

       2、LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPLlicense发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。

       3、LAMMPS可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原子分子体系，并提供支持多种势函数。且LAMMPS有良好的并行扩展性。

lammps 改写源代码怎么重新编译

       Lammps 源代码解析：

       所有的头文件都以下面的编译预处理命令开始, 例如 fix_setforce.h

       #ifdef

       FIX_CLASS

       FixStyle(setforce,FixSetForce)

       #else

       其中

       FixStyle 宏定义在lammps.cpp 的help函数里，相关代码片段如下:

       pos = ;

       fprintf(screen,"* Fix styles\n");

       #define

       FIX_CLASS

       #define FixStyle(key,Class) print_style(#key,pos);

       #include

       "style_fix.h"

       #undef

       FIX_CLASS

       fprintf(screen,"\n\n");

       其中在

       key 前加 # 是为了给key对应的字符串加入双引号，即等价于

       “key”。再通过查看，print_style函数，我们知道这段代码的目的就是打印所有已经定义的 fix style。这段代码当我们调用 lmpmac

       -help 时会打印，例如本人mac上打印的所有 integrate的style

       * Integrate styles:

       respa respa/omp verlet verlet/intel

       verlet/kk

       verlet/split verlet/split/intel

       因此，当自己加入新的 style 时候，需要更改对应的 “style_*.h” 文件。

lammps和vasp的区别

LAMMPS是分子动力学模拟的软件，vasp是原子尺度材料模拟软件。

       LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。

       ç¼–程是编定程序的中文简称，就是让计算机代码解决某个问题，对某个计算体系规定一定的运算方式，使计算体系按照该计算方式运行，并最终得到相应结果的过程。

LAMMPSLAMMPS编译安装

       本文详细描述了在Linux环境下使用LAMMPS进行安装和编译的步骤。LAMMPS全称为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是一个广泛使用的分子动力学模拟软件。

       首先，切换到根目录并以root权限执行以下步骤：

       1. 使用sudo命令以root权限登录。

       2. 下载并解压fftw源码包。

       3. 进入解压后的目录，配置并安装fftw。

       4. 进行mpich的下载、配置、安装。

       5. 编辑/etc/hosts.equiv文件，加入本机主机名。

       以上步骤均需在root权限下操作。

       随后，在自己的用户目录中执行以下步骤：

       1. 下载并解压LAMMPS源码包。

       2. 进入LAMMPS的源码目录。

       3. 编辑MAKE/Makefile.g++文件，修改mpich和fftw的安装路径。

       4. 在src目录下执行make g++命令，生成lmp_g++。

       5. 进入bench目录，使用mpirun命令运行LAMMPS。

       注意：上述步骤中，所有路径需替换为实际安装目录。

       完成上述步骤后，LAMMPS已成功安装并可进行模拟运行。这一过程详细展示了LAMMPS的安装流程，并且提供了实际操作中可能遇到的配置细节，有助于用户顺利进行分子动力学模拟。